Parkom prirode Medvednica upravlja javna ustanova u nadležnosti Ministarstva gospodarstva i održivog razvoja Republike Hrvatske. Osnivač Ustanove je Republika Hrvatska, a prava i dužnosti osnivača Ustanove obavlja Vlada Republike Hrvatske. Djelatnost Ustanove uključuje zaštitu, održavanje i promicanje Parka prirode Medvednica u cilju zaštite i očuvanja izvornosti prirode, osiguravanje neometanog odvijanja prirodnih procesa i održivog korištenja prirodnih dobara, nadziranje provođenja uvjeta i mjera zaštite prirode na području kojim upravljaju te sudjelovanje u prikupljanju podataka u svrhu praćenja stanja očuvanosti prirode (monitoring). Tijela Ustanove su Upravno vijeće i ravnatelj. Ustanovom upravlja Upravno vijeće, a ravnatelj organizira i vodi poslovanje Ustanove te zastupa i predstavlja Ustanovu.

Članovi Upravnog vijeća:

• Gabrijela Šestani, prof. biol. – predsjednica
• Diana Prpić, dipl. ing. petrol. – članica
• Patricija Gambiroža, prof. biol. – članica
• Vladimir Lušo, dipl. ing. techn. lign. – član
• Ivan Štefek, član

Ustanova je podijeljena na ured ravnatelja, pet odjela i jedanaest odsjeka kojima upravlja ravnatelj.