Parkom prirode Medvednica upravlja javna ustanova u nadležnosti Ministarstva zaštite okoliša i zelene tranzicije Republike Hrvatske. Osnivač Ustanove je Republika Hrvatska, a prava i dužnosti osnivača Ustanove obavlja Vlada Republike Hrvatske. Djelatnost Ustanove uključuje zaštitu, održavanje i promicanje Parka prirode Medvednica u cilju zaštite i očuvanja izvornosti prirode, osiguravanje neometanog odvijanja prirodnih procesa i održivog korištenja prirodnih dobara, nadziranje provođenja uvjeta i mjera zaštite prirode na području kojim upravljaju te sudjelovanje u prikupljanju podataka u svrhu praćenja stanja očuvanosti prirode (monitoring). Tijela Ustanove su Upravno vijeće i ravnatelj. Ustanovom upravlja Upravno vijeće, a ravnatelj organizira i vodi poslovanje Ustanove te zastupa i predstavlja Ustanovu.

Članovi Upravnog vijeća:

• Gabrijela Šestani, prof. biol. – predsjednica
• Diana Prpić, dipl. ing. petrol. – članica
• Patricija Gambiroža, prof. biol. – članica
• Domagoj Eršek, mag.ing.oecoing. – član
• Tajana Ban Ćurić, dipl. ing. geol. članica predstavnik radnika

Za obavljanje poslova iz djelokruga Ustanove ustrojene su unutarnje ustrojstvene jedinice – odjeli i odsjeci.